Das ganze Leben Papst Benedikts ist durchzogen von der Spur des Glaubens. Im ersten Stock des Papstgeburtshauses finden sich 3 Räume, die zum weiteren Nachdenken einladen.
Das Geburtszimmer ist der Ort, an dem Joseph Ratzinger am 16. April 1927 geboren wurde. Mit dem Namen Marktl verbindet Papst Benedikt die Frage nach seinen Wurzeln. Es „bleibt der Ort, an dem mir meine Eltern das Leben geschenkt haben, der Ort an dem ich meine ersten Schritte auf dieser Erde getan habe, der Ort, da ich getauft worden bin am Karsamstag-Morgen und so Glied der Kirche Jesu Christi wurde“ (Joseph Kardinal Ratzinger am Pfingstmontag 1986 in Marktl)
Das Theologenzimmer rückt das Wirken Joseph Ratzingers beim II. Vatikanischen Konzil in den Mittelpunkt. Der damalige Kölner Kardinal Frings nahm den jungen Bonner Theologieprofessor Ratzinger als seinen Berater mit nach Rom. Wichtige Impulse setzte Ratzinger in der Lehre über die Kirche und die göttliche Offenbarung.
Das Papstzimmer zeigt, wie Papst Benedikt XVI. sein Amt versteht. Schon Name und Wappen sind Programm. Besonders mit seiner Deutung der uralten Zeichen Pallium und Fischerring übersetzt Papst Benedikt die Botschaft des Evangeliums in die Gegenwart. Das Pallium steht für den Hirten, der das verirrte Lamm auf seine Schultern nimmt und zum Wasser des Lebens führt. Der Fischerring verweist auf den Fischer Petrus, der im Auftrag Christi zum Menschenfischer wird. So sieht Papst Benedikt XVI. seine Aufgabe als Nachfolger Petri, die Menschen aus der Entfremdung in das Licht Gottes zu führen.